Pada 13 September 2018, Shafee mengaku tidak bersalah atas dua pertuduhan membabitkan diri dengan pengubahan wang haram iaitu menerima hasil daripada aktiviti haram, masing-masing berjumlah RM4.3 juta dan RM5.2 juta melalui dua cek AmIslamic Bank Berhad milik Perdana Menteri Najib Razak yang dimasukkan ke dalam dua akaun CIMB Bank Berhad milik tertuduh. Shafee dituduh melakukan kedua-dua kesalahan itu di CIMB Bank Berhad, Taman Tunku, Bukit Tunku dekat sini pada 13 September 2013 dan 17 Februari 2014. Kedua-dua pertuduhan dikemukakan mengikut Seksyen 4(1)(a) Akta Pencegahan Pengubahan Wang Haram dan Pencegahan Pembiayaan Keganasan 2001 (AMLATFA) yang memperuntukkan hukuman denda maksimum RM5 juta dan penjara tidak lebih lima tahun atau kedua-duanya, jika sabit kesalahan.

Bagi pertuduhan itu, beliau didakwa meninggalkan pendapatan yang diterima pada 13 September 2013 berjumlah RM4.3 juta dan pendapatan diterima pada 17 Februari 2014 berjumlah RM5.2 juta melalui dua cek AmIslamic Bank Berhad milik Najib yang dimasukkan ke dalam dua akaun CIMB Bank Berhad milik tertuduh, yang mana tertuduh dikehendaki oleh Akta Cukai Pendapatan 1967 untuk membuat penyata bagi pihak tertuduh. Kedua-dua kesalahan itu didakwa dilakukan di LHDN Cawangan Duta, Kompleks Pejabat Kerajaan Jalan Tuanku Abdul Halim pada 3 Mac 2015 dan 29 Jun 2015. Pertuduhan dikemukakan mengikut Seksyen 4(1)(a) Akta Pencegahan Pengubahan Wang Haram, Pencegahan Pembiayaan Keganasan dan Hasil Daripada Aktiviti Haram 2001 (AMLATFAPUAA) yang membawa hukuman penjara maksimum 15 tahun dan boleh didenda tidak kurang lima kali ganda jumlah atau nilai aktiviti haram atau peralatan kesalahan itu pada masa kesalahan dilakukan atau RM5 juta, mana lebih tinggi, jika sabit kesalahan.

Pada 1 Okt 2018, Shafee mohon supaya kesnya dibicarakan di Mahkamah Tinggi.[10][11][12] Pada 3 Okt, Hakim Mahkamah Tinggi Azman Abdullah membenarkan permohonan itu.[13]

Pada 16 April 2019, Mahkamah Tinggi menetapkan lapan hari bermula 8 Julai 2019 untuk perbicaraan kes tersebut.[14]

Pada 14 Mei 2019, permohonan Shafee untuk mendapatkan sementara pasportnya bagi mengendalikan kes jenayah di Sydney, Australia ditolak oleh Mahkamah Tinggi.[15][16]

Pada 21 Jun 2019, Mahkamah Rayuan membenarkan permohonan Shafee untuk mendapatkan sementara pasportnya untuk ke Sydney dari 24 Jun hingga 1 Julai 2019.[17]

Pada 27 Jun 2019, tarikh baharu perbicaraan kes ditetapkan selama 16 hari bermula 9 Mac 2019 oleh Mahkamah Tinggi.

Pada 18 Disember 2019, Mahkamah Tinggi sekali lagi membenarkan permohonan peguam itu untuk mendapatkan sementara pasportnya bagi membolehkan beliau ke Perth, Australia atas urusan kerja.[18]

Pada 22 April 2019, Mahkamah Tinggi menolak permohonan Shafee untuk menggugurkan bekas hakim Mahkamah Persekutuan Gopal Sri Ram daripada mengetuai pasukan pendakwaan dalam kesnya dan juga untuk mendapatkan surat pelantikan Sri Ram sebagai Timbalan Pendakwa Raya (TPR) kanan.

Pada 28 Ogos 2020, permohonan semakan kehakiman difailkan Muhammad Shafee untuk menggugurkan pelantikan Gopal Sri Ram sebagai TPR kanan dalam perbicaraan kesnya ditolak oleh Mahkamah Tinggi Bahagian Kuasa-Kuasa Khas.[19]

Pada 1 Mac 2021, permohonan Shafee untuk memasukkan afidavit bekas Peguam Negara Mohamed Apandi Ali bagi menggugurkan Gopal Sri Ram daripada mengetuai pendakwaan dalam kesnya ditolak oleh Mahkamah Rayuan.[20][21]

Pada 21 Mei 2021, perbicaraan kes Shafee bermula di Mahkamah Tinggi.

Pada 25 Oktober 2021, permohonan Muhammad Shafee untuk mendapatkan sementara pasport bagi membolehkannya ke New York bagi urusan pengajian anak lelakinya dibenarkan oleh Mahkamah Tinggi.[22][23]

Pada 12 Mei 2022, pihak pendakwaan menutup kes selepas mengemukakan seramai lapan saksi pada perbicaraan kes berkenaan.

Pada 23 Mei 2022, Mahkamah Persekutuan menolak permohonan Shafee bagi mendapatkan kebenaran merayu terhadap keputusan Mahkamah Tinggi yang tolak permohonan semakan kehakimannya untuk menggugurkan Gopal Sri Ram daripada pasukan pendakwaan.[24]

Pada 30 Jun 2022, permohonan Shafee untuk mendapatkan sementara pasport bagi membolehkannya ke Itali bagi urusan pertukaran sekolah anak perempuannya dibenarkan oleh Mahkamah Tinggi.[25][26]

Pada 5 September 2022, Mahkamah Tinggi sekali lagi membenarkan permohonan peguam itu untuk mendapatkan sementara pasport untuk ke Australia bagi menghadiri mesyuarat perundangan dengan peguam kanan yang berasal dari United Kingdom.[27][28][29]

Pada 15 September 2022, pihak pendakwaan dan pembelaan mengemukakan hujahan di akhir kes pendakwaan dan Hakim Muhammad Jamil menetapkan 28 Oktober untuk keputusan.[30][31][32]

Pada 28 Oktober 2022, Mahkamah Tinggi Kuala Lumpur membebaskan Shafee daripada tuduhan pengubahan wang haram melibatkan RM9.5 juta yang didakwa diterima daripada bekas perdana menteri, Najib Razak.[33]